Quelques années s'écoulaient tout juste depuis les destructions et les batailles pour retrouver la paix et la sérénité. Les combats terminés, nombreux sont ceux qui pensaient les terribles évènements appartenir au passé. Mais en réalité, ce n'était que le prélude...

Certains Titans n'étaient point rassasiés par leurs combats, leur quête de la paix n'avait apporté aucun bénéfice. Des complots aux desseins les plus malfaisants se tramaient encore, voire davantage. Le conflit s'étendit, promesse d'une glorieuse destinée pour les uns, conquêtes d'aventures aussi sombres que l'obscur pour les autres...

Les Teams continuaient de rechercher les reliques des Pokémons Légendaires, certaines alliances durent se faire pour accélérer les recherches et couvrir plus de terrain. De ce fait, la team Aqua accepta de travailler avec la team Galaxie dans le but de capturer Kyogre. Du côté de Groudon, ce furent les teams Magma et Rocket qui s'allièrent. Gilgamesh, le chef Galaxie, fit quant à lui des recherches actives sur Jirachi, le faiseur de voeux, avec l'aide du chef de la team Aqua, Alice Taylor.

La Team Rocket s'étendit chaque jour davantage, véritable invasion idéologique, celle-ci chercha à poser son empreinte sur le monde par la création d'un Empire. Grâce aux prodiges de l'ADN et à la matière Noire extra-terrestre, elle créa le Léviator Noir, joujou de leur chef, Adonis de Locksley.

Mais la Résistance n'avait pas dit son dernier mot. Et c'est sous la bannière de Red que se composa ainsi une véritable équipe de résistance, chaque jour un peu plus forte...

Promesse d'un nouveau monde par les Teams, promesse d'un retour à la paix originelle pour les Résistants. Tous et chacun sont confrontés à ce choix. Humains comme Pokémons.