Voilà maintenant trois années que les évènements chaotiques de la grande guerre avaient eu lieu. Que s'est-il passé durant ces trois années, me direz-vous?

Les alliances entre Teams avaient renforcé ces dernières et causé une guerre entre chacun des groupes alliés, en plus de leur combat acharné contre les résistants. Red profita de ces querelles intestines pour faire preuve d'ingéniosité et rallier plus de monde à sa cause. A ses côtés, Luna le Maître de Kanto et Johto prêta allégeance. Ils partagèrent le but commun de ramener la paix une bonne fois pour toutes. D'autant plus que Luna possédait le Lugia Obscur, unique moyen de détruire le Léviator Noir de la Team Rocket.

C'est donc dans une lutte acharnée que s'entretuèrent les deux uniques espèces obscures existantes. La Team Rocket n'avait plus d'arme égale à celle des Légendaires. La chute de son Empire eut l'effet de dominos, les Résistants capturèrent leur chef ainsi que celui de la Team Magma, tous les deux étant encore alliés à ce moment-là. Il ne restait plus qu'à arrêter l'alliance Aqua-Galaxie. Et pour cela Red utilisa Groudon, dernier rempart contre son ennemi juré Kyogre. Avec les efforts combinés de la Résistance toute entière et de Rayquaza, ils finirent par démanteler toute organisation, arrêter tous les chefs qui n'avaient pas eu le temps de s'enfuir.

Mais toute histoire qui finit bien cache forcément une fin secrète. En effet, tous les chefs n'étaient pas derrière les barreaux, et la Matière Noire se retrouva entre les mains des anciens scientifiques de la Team Rocket. La création de nouveaux Pokémons obscurs n'était donc pas à écarter.

De plus, la découverte de la méga-évolution allait révolutionner toutes les idées que les chercheurs se faisaient sur la puissance des Pokémons. Rayquaza, qui avait été capturé par la Team Aqua auparavant, avait repris sa liberté en méga-évoluant. Il serait donc probablement la première cible de n'importe quelle organisation malfaisante.